Οι προστατευόμενες φυσικές περιοχές της Απουλίας εκτείνονται συνολικά σε 245.154,33 εκτάρια[1], εκ των οποίων το 75,8% αντιπροσωπεύεται από εθνικά πάρκα (εθνικό πάρκο Gargano και εθνικό πάρκο Alta Murgia) και 8,3% από φυσικές περιοχές και θαλάσσια φυσικά καταφύγια.< /p>

Οι επαρχίες με το υψηλότερο ποσοστό εδάφους που υπόκειται σε προστασία είναι αυτή της Φότζια (51,5%) και του Μπάρι (27,7%)

Προστατευόμενες περιοχές της επαρχίας Φότζια

Εθνικό Πάρκο Gargano
ιδρύθηκε με το άρθρο 34 του νόμου 6 Δεκεμβρίου 1991 ν. 394. Εκτείνεται σε 118.144 εκτάρια (μία από τις μεγαλύτερες προστατευόμενες περιοχές). Τα τέσσερα νησιά Τρεμίτη (θαλάσσιο καταφύγιο) αποτελούν μέρος του πάρκου. Μέσα σας συναντάτε τα πιο διαφορετικά τοπία: από περισσότερα από 2200 βοτανικά είδη, μέχρι πυκνά και εκτεταμένα δάση, από ψηλούς βράχους με θέα στη θάλασσα έως μεγάλα καρστικά οροπέδια, από απότομα και δασώδη φαράγγια μέχρι μεγάλες παράκτιες λίμνες. Οι σημαντικότεροι φυτικοί σχηματισμοί που μπορούν να συναντηθούν είναι το δάσος οξιάς και το δάσος βελανιδιάς. Το πάρκο έχει πλούσια πανίδα. Κυμαίνονται από έως και 170 είδη πουλιών, μέχρι αρπακτικά όπως: η κοινή καρακάξα, το κιτρινάκι, το σπουργίτι, ο πετρίτης, ο μπούφος, η μακρυμόκοτη κουκουβάγια, η κουκουβάγια, η καστανόξανθη κουκουβάγια και η κουκουβάγια.
Περιφερειακό φυσικό πάρκο Bosco Incoronata
που ιδρύθηκε με τον περιφερειακό νόμο αρ.19 της 19ης Μαΐου 2006, εκτείνεται σε περίπου χίλια εκτάρια στο Tavoliere delle Puglie, 12 χλμ. από τη Φότζια. Στο εσωτερικό υπάρχει η προτεινόμενη τοποθεσία Κοινοτικής Σημασίας (pSIC) που ονομάζεται "Valle del Cervaro - Bosco dell'Incoronata" και βρίσκεται στην κάτω κοιλάδα Cervaro.

Μικρή λίμνη στο φυσικό καταφύγιο Foresta Umbra
Άλλα καταφύγια στην επαρχία της Φότζια

Φυσικό καταφύγιο Falascone
Φυσικό καταφύγιο Foresta Umbra
Φυσικό καταφύγιο Il Monte
φυσικό καταφύγιο Ischitella and Carpino
Φυσικό καταφύγιο του νησιού Varano
Φυσικό καταφύγιο της λίμνης Lesina
Φυσικό καταφύγιο Salso Lake
Φυσικό καταφύγιο Masseria Combattenti
Φυσικό καταφύγιο Monte Barone
Φυσικό καταφύγιο Frattarolo Marsh
Φυσικό καταφύγιο Sfilzi